Исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего впервые в мире создали компьютерную модель вируса гриппа H1N1 на атомном уровне. Алгоритм моделирует возможные стратегии разработки будущих вакцин и противовирусных препаратов против гриппа.
Вакцины против сезонного гриппа необходимо менять каждый год, чтобы они соответствовали новым или старым штаммам, циркулирующим среди людей. Главные мишени противогриппозных вакцин — поверхностные белки-гликопротеины: гемагглютинин (HA) и нейраминидаза (NA). Белок HA помогает вирусу связываться с клеткой-хозяином, а белок NA работает как ножницы, отсекая HA от клеточной мембраны и позволяя вирусу размножаться. Свойства обоих гликопротеинов были изучены давно, но полного понимания механизма действия не было.
Обычно вакцины против гриппа нацелены на головку белка гемагглютина, но на неподвижных изображениях у белка фиксируется лишь небольшое движение. Компьютерная модель же показала динамическую природу белка HA, и выявила «дыхательное» движение, обнажающее ранее неизвестный участок иммунного ответа — эпитоп. Оказалось, что гликопротеины более динамичны, чем считалось ранее, что позволит антителу прикрепляться к ним.
Моделирование, созданное в лаборатории, показало невероятный диапазон движения, демонстрирующий, как эпитоп подвергается воздействию для связывания антител. Исследование можно использовать для разработки методов удержания белков в открытом состоянии, чтобы они были постоянно доступны для антител, сообщает Phys.org.
